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Aldinger, Kai and Ester, Martin and Förstner, Gabriele and Kriegel, Hans-Peter and Seidl, Thomas (1994): Datenbankenunterstützung für das Protein-Protein-Docking: ein effizienter und robuster Feature-Index. 2. GI-Fachtagung “Informatik in den Biowissenschaften”, 05. - 07.09.1994, Jena.
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Abstract

In der vorliegenden Arbeit schlagen wir eine Architektur für ein Dockingsystem vor, das zu einem gegebenen Anfrageprotein alle möglichen Dockingpartner und deren zugehörige Konstellationen in einer Proteindatenbank sucht. Die einzelnen Filter- und Bewertungsschritte dieses Dockingsystems sollen durch den Einsatz räumlicher Zugriffsstrukturen unterstützt werden. Hier behandeln wir insbesondere die Verwendung eines effizienten und robusten Feature-Index. Dieser dient dazu, aus dem Raum aller möglichen Konstellationen von Partnerproteinen aus der Datenbank gute Kandidatenvorschläge zu ermitteln. Dazu werden im Vorfeld die Proteinoberflächen regionalisiert, in einem k-dimensionalen Raum von Kennzahlen beschrieben und in einer k-dimensionalen räumlichen Indexstruktur verwaltet. Für die Docking-Suche wird das Anfrageprotein analog regionalisiert, und zusätzlich werden seine Kennzahlen komplementiert, so daß zum Komplement ähnliche Regionen als mögliche Docking-Stellen im Index gefunden werden können. In den nachfolgenden Filterschritten des Dockingsystems wird unter anderem das räumliche Passen genauer überprüft.