Aldinger, Kai; Ester, Martin; Förstner, Gabriele; Kriegel, Hans-Peter; Seidl, Thomas
(1994):
Datenbankenunterstützung für das Protein-Protein-Docking: ein effizienter und robuster Feature-Index.
2. GI-Fachtagung “Informatik in den Biowissenschaften”, 05. - 07.09.1994, Jena.
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Abstract
In der vorliegenden Arbeit schlagen wir eine Architektur für ein Dockingsystem vor, das zu einem gegebenen
Anfrageprotein alle möglichen Dockingpartner und deren zugehörige Konstellationen in einer
Proteindatenbank sucht. Die einzelnen Filter- und Bewertungsschritte dieses Dockingsystems sollen
durch den Einsatz räumlicher Zugriffsstrukturen unterstützt werden. Hier behandeln wir insbesondere
die Verwendung eines effizienten und robusten Feature-Index. Dieser dient dazu, aus dem Raum aller
möglichen Konstellationen von Partnerproteinen aus der Datenbank gute Kandidatenvorschläge zu ermitteln.
Dazu werden im Vorfeld die Proteinoberflächen regionalisiert, in einem k-dimensionalen Raum
von Kennzahlen beschrieben und in einer k-dimensionalen räumlichen Indexstruktur verwaltet. Für die
Docking-Suche wird das Anfrageprotein analog regionalisiert, und zusätzlich werden seine Kennzahlen
komplementiert, so daß zum Komplement ähnliche Regionen als mögliche Docking-Stellen im Index gefunden
werden können. In den nachfolgenden Filterschritten des Dockingsystems wird unter anderem
das räumliche Passen genauer überprüft.