5-Formylcytosin ist vermutlich eine semi-permanente Base an definierten Genompositionen

Su, Meng ; Kirchner, Angie ; Stazzoni, Samuele; Müller, Markus ; Wagner, Mirko; Schröder, Arne and Carell, Thomas (19. September 2016): 5-Formylcytosin ist vermutlich eine semi-permanente Base an definierten Genompositionen. In: Angewandte Chemie, Vol. 128, No. 39: pp. 11974-11978

Abstract

Die epigenetische Base 5-Formyl-2’-desoxycytosin (fdC) wurde kürzlich im Genom von Stammzellen entdeckt. Ihre Funktion ist bisher jedoch unbekannt. Daten aus Genomsequenzierungen zeigen eine Anreicherung in CpG Inseln von Promotoren, weshalb eine Beteiligung an der Regulation der Transkription während der zellulären Differenzierung angenommen wird. Auch ist fdC dafür bekannt von dem Enzym Thymin-DNA-Glykosylase (Tdg) erkannt und ausgeschnitten zu werden. Folglich wird angenommen, dass fdC als Intermediat während der aktiven Demethylierung auftritt. Um die Funktion der neuen epigenetischen Base fdC zu verstehen, ist es von großer Bedeutung dessen Bildung und Entfernung an definierten genomischen Positionen analysieren zu können. Im Folgenden beschreiben wir eine neue derartige Methode, die sequenzspezifische, chemische Derivatisierung von fdC mit Droplet Digital PCR kombiniert. Erste Ergebnisse zeigen, dass das Reparaturprotein Tdg nur 50% der fdCs an einer bestimmten Position im Genom entfernt, was auf semi-permanente Eigenschaften dieser Base hinweist.

• Item Type: Journal article
• EU Funded Grant Agreement Number: 642023
• EU Projects: Horizon 2020 > Marie Skłodowska Curie Actions > Marie Skłodowska-Curie Innovative Training Networks > 642023: ClickGene - Click Chemistry for Future Gene Therapies to Benefit Citizens, Researchers and Industry
• Form of publication: Submitted Version
• Keywords: Epigenetische Base; Click-Chemie; 5-Formylcytosine; Genomische DNA; Droplet Digital PCR
• Faculties: Chemistry and Pharmacy > Department of Chemistry
• Research Centers: Center for Integrated Protein Science Munich (CIPSM)
• Subjects: 500 Science > 540 Chemistry; 500 Science > 570 Life sciences; biology
• ISSN: 1521-3757
• Language: German